Le couvent accueille les frères capucins depuis 1540. Il a subit de profonds et significatifs changements, mais, depuis l'arrivée du jeune frère Pio de Pietrelcina (1916) dans cet «asile de paix où l'on ne parle que de Dieu et se taît de l'autre», il reste dans l'ensemble sans grandes variations.
A partir de cet instant ce lieu est lié indissociablement à la vie du saint et des vicissitudes qui s'en sont suivies. Le pèlerin aujourd'hui encore peut visiter la chambre (cellule) de padre Pio et d'autres endroits à lui reliés, en particulier la tribune de l'ancienne église où le 20 septembre 1918 le jeune frère est marqué par le Seigneur du sceau des stigmates.
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