Déjà au début des années 20 on assiste à une toujours plus nombreuse croissance de pèlerins qui montent sur le mont Gargano, il en est évident à tous l'inadéquation de la petite église Sainte Marie des Grâces à gérer ce «peuple besogneux» (autant que Padre Pio devra nécessairement maintes fois célébrer à l'extérieure), mais les travaux pour le Sanctuaire ne commencèrent qu'en 1956. L'église prend forme sous la direction attentive de l'architecte Giuseppe Gentile de Boiano, et consacrée le 1° juillet 1959. Elle compte trois nefs, la centrale est dominée de l'imposante mosaïque, de l'école vaticane, représentant l'icône de la Vierge des Grâces dans la gloire des anges et saint Pio, intermédiaire entre Marie et l'humanité souffrante.
Au-dessus du chœur, un nouvel autel consacré le 13 décembre 2008, remplace celui où padre Pio a célébré l'eucharistie depuis 1959 jusqu'au 22 septembre 1968. L'ancienne table eucharistique a été «enchâssée», comme une pierre précieuse, dans l'autel majeur, à la base du tabernacle.
Les nefs latérales sont enrichies de 9 petits autels, notamment de la statue en bois de la Vierge des Grâces et de deux mosaïques représentants saint Jean-Paul II et sainte Thérèse de Calcutta, dotés d'une correspondantes reliques.
Au-dessus du chœur, un nouvel autel consacré le 13 décembre 2008, remplace celui où padre Pio a célébré l'eucharistie depuis 1959 jusqu'au 22 septembre 1968. L'ancienne table eucharistique a été «enchâssée», comme une pierre précieuse, dans l'autel majeur, à la base du tabernacle.
Les nefs latérales sont enrichies de 9 petits autels, notamment de la statue en bois de la Vierge des Grâces et de deux mosaïques représentants saint Jean-Paul II et sainte Thérèse de Calcutta, dotés d'une correspondantes reliques.
