Nonostante già dai primi anni 20 si assiste ad un sempre crescente numero di pellegrini che salgono il monte Gargano e che sia palese a tutti l'inadeguatezza della Chiesina di Santa Maria delle Grazie a gestire questo "popolo bisognoso" (tant'è che padre Pio sarà più volte costretto a celebrare all'aperto), i lavori per il Santuario iniziarono solo nel 1956. La chiesa prende forma sotto la direzione attenta dell'Architetto Giuseppe Gentile di Boiano, e viene consacrata il 1 luglio 1959. È costituita da tre navate, quella centrale è dominata dall'imponente mosaico dell'abside, della scuola vaticana, raffigurante l'icona della Madonna delle Grazie nella gloria degli angeli e san Pio, intermediatore tra Maria e l'umanità sofferente.
Sul presbiterio, un nuovo altare consacrato il 13 dicembre 2008, sostituisce quello su cui padre Pio ha celebrato l'eucarestia dal 1959 fino al 22 settembre 1968. La vecchia mensa eucaristica è stata "incastonata", quale gemma preziosa, nell'altare maggiore, alla base del tabernacolo.
Le navate laterali sono impreziosite da 9 altarini, ma soprattutto dalla statua lignea della Madonna delle Grazie e da due recenti mosaici raffiguranti san Giovanni Paolo II e la Beata Madre Teresa di Calcutta, con relative reliquie.
Sul presbiterio, un nuovo altare consacrato il 13 dicembre 2008, sostituisce quello su cui padre Pio ha celebrato l'eucarestia dal 1959 fino al 22 settembre 1968. La vecchia mensa eucaristica è stata "incastonata", quale gemma preziosa, nell'altare maggiore, alla base del tabernacolo.
Le navate laterali sono impreziosite da 9 altarini, ma soprattutto dalla statua lignea della Madonna delle Grazie e da due recenti mosaici raffiguranti san Giovanni Paolo II e la Beata Madre Teresa di Calcutta, con relative reliquie.
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