La Chiesa di san Pio da Pietrelcina è stata fortemente voluta dai frati Minori Cappuccini confratelli di padre Pio e dai suoi numerosi devoti, per poter al meglio accogliere le reliquie del santo e allo stesso tempo dare dignità alle celebrazione eucaristiche, in special modo quelle domenicali e con particolare affluenza. L'idea architettonica è frutto del lavoro del famoso architetto Renzo Piano, affiancato da Mons. Crispino Valenziano, che ne cura l'aspetto liturgico.
Successivamente, per aiutare i fedeli a cogliere al meglio gli aspetti salienti del loro essere pellegrini in questo luogo santo, i frati Cappuccini affidano al sacerdote P. Marco Ivan Rupnik, il percorso iconografico che prima sprona i fedeli a riscoprire il senso della loro vita di battezzati (il cammino dell'uomo nuovo) e a farsi guidare verso Cristo, facendosi aiutare dall'esempio di san Pio e del serafico padre san Francesco, e poi introduce gli stessi nel Mistero di Cristo (La reggia del Re dei Cieli), egregiamente raffigurato in tutta la chiesa Inferiore.