Elle a étée fortement voulue par les frères Mineurs Capucins confrères de padre Pio et par ses nombreux dévoués, pour pouvoir accueillir au mieux les reliques du saint et en même temps conférer dignité à la célébration eucharistique, en particulier celles du dimanche et avec plus d'affluence. L'idée architecturale est une œuvre du célèbre architecte Renzo Piano, suivi par Mgr. Crispino Valenziano, qui en a soigné l'aspect liturgique.
Par la suite, pour aider les fidèles à saisir au mieux les aspects saillants de leur être en pèlerinage en ce lieu saint, les frères Capucins confient au prêtre P. Marco Ivan Rupnik, le parcours iconographique qui encourage premièrement les fidèles à redécouvrir le sens de leur vie de baptisés (chemin de l'homme nouveau) et se faire guider vers le Christ, se faisant aider par l'exemple de saint Pio et du séraphique père saint François, et introduit ensuite ceux-ci dans le mystère du Christ (le royaume du Roi des Cieux), parfaitement représenté en toute l'église Inférieure.
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